政治腐败蔓延
万历初年，明朝虽然在朱元璋的开创下建立了一个强大的中央集权制度，但随着时间的推移，这种制度也逐渐演变成了一种复杂而昂贵的官僚体系。官员之间的斗争和贪污现象日益严重，政府内部出现了大量不必要的人事调动，这些都削弱了国家的有效运作能力。同时，由于科举考试成为进入仕途唯一途径，导致大量人才被束缚在书桌前，而实际管理国家大计的人才相对稀缺。
经济负担过重
万历年间，明朝为了维持战争、修建工程以及满足皇室及其臣子巨大的消费需求，不断增加税收和借债。这导致民众负担加重，他们只能通过高利贷或出售土地来应对经济压力，最终陷入贫困循环。在这种情况下，大量农民逃离乡村到城市或者成为流民，从而进一步破坏了农业生产基础，是社会矛盾激化的一大原因。
农业生产问题
由于长期战争与内忧外患，以及人口数量的大幅增加，加上不断恶化的地理环境（如洪水、旱灾等），农业生产变得越来越艰难。许多地区出现荒田遍布和粮食短缺的情况，造成了物价飞涨，使得普通百姓生活更加困难。此外，由于财政紧张无法提供足够救济措施，更是加剧了人民对于政府失望情绪。
社会矛盾激化
随着经济状况恶化和生活条件下降，一方面是因为政策上的失误所致，如对商人实行严格限制，以防止他们积累太多财富；另一方面则是由于各阶层之间因利益冲突而产生深刻分歧。例如，地主与佃农之间因租金提高引发纠纷，小康户与富裕户之间因税赋差异引起不满。而这些矛盾最终都汇聚到反抗政府的一系列运动中，如白莲教起义、土司叛乱等，对国家安全构成了威胁。
文化衰落影响
文化传统作为一个社会稳定性的重要支撑，在这一时期也开始显露出疲态。一方面，是因为士大夫阶层忙于功名利禄而忽视文学艺术发展；另一方面，是由于经费不足无法维护文艺教育机构，使得学术研究停滞不前。这一连串事件共同促使文化精神逐渐消退，为后来的思想解放埋下伏笔，同时也是国力的全面衰败的一个标志性表现。
