裕固族的历史渊源可以追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字来源于突厥语，意味着团结与联合。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其疆域涵盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧至阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。在汗国存在近百年的时间里，各游牧部落逐渐聚集在回纥部落周围，最终形成了一个统一的民族实体，即被称为“回纥”的大族。
作为唐朝册封下的属国，回纥汗国历经多代可汗接受唐朝的册封。然而，在公元840年，由于天灾和外敌的共同威胁，这个强大的国家最终崩溃。其余部分分散向西、向南迁徙，其中一支走到了甘州（今张掖）的附近，被称作甘州归化，是后来裕固人的祖先。这支人群在895年占领甘州城，并建立了一個独立政权。
随着时间的推移，一系列政治变动使得这些居民面临新的挑战。在公元1208年，当他们试图抵抗西夏进攻时，最终导致政权再次崩溃。一些人退往敦煌以南、柴达木盆地以北区域，与罗布泊和若羌相邻，他们自称“撒里畏兀尔”，而汉文史料又将他们命名为“黄头回纥”。
1226年，当撒里畏兀尔遭受蒙古军队征服后，其历史便进入了新的阶段。当1368年元朝灭亡并由明朝取代时，这些地区设立成了安定、阿端及曲充三卫，以此维护当地秩序。
15世纪初期，当叶尔羌汗国向东扩张并推行伊斯兰教时，同时信仰藏传佛教的人们也开始迁往祁连山麓地区。这段期间，一些来自关外蒙古部落的人们也加入这一过程，最终融入当地汉藏等民族中生活，从而形成今日所见之裕固族。
