裕固族的历史渊源可以追溯到古代回纥部落。回纥，意为“团结”与“联合”，自称其为此名称。在公元745年，回纥建立了汗国，其疆域涵盖了贝加尔湖以南、阴山以北、兴安岭以西及阿尔泰山以东的广阔草原地区。在这一百多年的时期里，草原上的各游牧部落逐渐围绕着回纥部聚集并融合成一个统一的民族——即著名的回纥族。从那以后，名字中的“回纥”便代表了一群包括草原各游牧部落在内的古老民族。
然而，在公元840年，由于天灾和外敌的连番打击，这个汗国最终崩溃。随后，一些分支向西或是向南迁徙，其中一部分沿途南下至河西走廊甘州（今张掖）区域，被后世称作甘州回给，即日后的裕固族祖先。这股流离失所的人民在895年占领甘州城，并建立了独立政权，但到了1208年，当面临来自西夏军队的大规模进攻时，这个政权再次土崩瓦解。而其中一部分人退往敦煌以南、柴达木盆地以北，延伸至罗布泊和若羌等地，并自称“撒里畏兀尔”，这意味着他们属于一种叫做“撒里”的社群，而汉文文献又将他们称为“黄头回纥”。
1226年的蒙古征服之后，再过1368年的元朝灭亡和明朝设置安定、阿端、曲充三卫之后，这片地区经历了一段动荡但也孕育出了新的社会结构。
15世纪初期，当叶尔羌汗国通过武力推广伊斯兰教而扩展到塔里木盆地时，以藏传佛教信仰生活在撒里畏兀尔人的许多人被迫东迁，他们顺势与当地一些蒙古部落共同迁移到祁连山脚下。此后长时间共存与交流，最终形成了今天我们所知的裕固族这个新型人类共同体。
