二战结束后，美军一度计划焚毁靖国神社，但最终因冷战对策考虑而放弃。靖国神社曾是美国人眼中的一颗疼痛的钉子，自1941年日本偷袭珍珠港以来，美国开始研究日本军国主义的根源。1945年，美军拍摄了《认识你的敌人日本》，揭示天皇在日本人的心目中如同最高神明，对于战死者被供奉于靖国神社是一种最高荣耀。
随着战争结束和麦克阿瑟将领抵达东京，美军开始实施宗教信仰自由，并禁止极端国家主义和军国主义组织。此时，一些美军将领建议麦克阿瑟烧毁靖国神社，但这个方案未能实现。横井时常提出了将靖国神社改为宗教庙宇的方案，这次游说成功地骗过了盟总宗教科科长巴斯。
11月20日，在盟总监视下，靖国神社举行了大祭，此后盟总发布了“神道指令”，宣布废止国家神道并允许靖国神社脱离国家管理成为宗教法人。这次指令逃过了灭顶之灾，使得靖国神社得以苟延残喘至今。
然而，不久之后，由于中国、苏联等国家的强烈要求，加上新通告禁止天皇参拜，还有其他原因导致1951年9月末，大石灯笼被水泥抹平，最终导致该场所合法性再次遭到质疑。尽管如此，该地点仍然存在并继续作为右翼势力招魂与翻案的地方之一。
