在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，该建筑被改造成今日的圣伯多禄大殿，成为了天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围区域赠予教宗，这标志着“丕平献土”，后来形成了半世俗政体型态的“教宗国”，涵盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利民族统一运动导致梵蒂冈领土缩小。1870年普法战争结束后，法国军队撤离罗马，使得意大利王国军队占领罗马城，并完成了意大利统一。此时，教宗退居梵蒂冈宫中，与新成立的意大利王国关系紧张。
1929年2月11日，《拉特兰条约》签署完成，由墨索里尼领导下的意大利政府承认梵蒂冈作为主权国家，其领土位于梵蒂冈城，为中立国家。在第二次世界大战期间，即便是面对外敌入侵，也坚持保持中立。
2009年1月1日之后，当局宣布不再自动采纳意大利议会通过的法律，以确保其独立性和自主性。这段历史见证了梵蒂冈从一个政治实体到国际社会中的角色转变，同时也展现出其对于文化、宗教和政治身份的坚守。
在这一切背影下，一面由两个相等大小竖长方形组成的地图旗帜成为象征——白色代表纯洁与正义，而黄色则象征金银两种珍贵金属；而这两种颜色的交叉钥匙则是指向耶稣十二名门徒之首圣彼得所拥有的钥匙；红色则代表曾经在天主教堂内最显眼的一种颜色。而该市徽上的三重冠表示着三个最高权力：立法、司法和行政权力，而交叉钥匙则象征着圣彼得拥有所有上界及地界的一切权力。此外，还有一句《马太福音》的话语：“我要把天国的钥匙给你……”强调了这个传说中的力量与责任。
