在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座建筑物被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利领土。在这种背景下，拿破仑三世以“保护者”之名出兵保护罗马，但普法战争结束后，他撤军，使得意大利王国军队顺利占领罗马城，并完成了国家统一。随后，教宗退居梵蒂冈宫中，与新生的意大利王国关系紧张。
1929年，《拉特兰条约》签订，将梵蒂冈城定为独立主权国家，其领土神圣不可侵犯。这份协议解决了与意大利政府之间长期存在的问题。第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，并由庇护十二世担任教宗。
2009年1月1日，当时的梵蒂冈宣布不再自动采纳意大利议会通过的法律，因为这些法律过于繁杂且与天主教信仰相冲突。此外，该市还有一面独特的旗帜，由两个面积相等竖长方形组成，其中包含两把交叉钥匙和一个代表三重冠冕的小图案，而这两种颜色分别象征着金黄色和银白色——耶稣十二位门徒中的首位门徒彼得所持有的钥匙，以及1808年以来瑞士卫队帽徽颜色的使用。
此外，还有一个专属于保禄六世时期（1963-1978）的官方标志，它包含了一顶带有三个圈层环状装饰和两把交叉式金黄色银白色钥匙，并配以《马太福音》中的经文：“我要把天国的钥匙给你。”
