在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，那里的皮黄艺术深深吸引了他。他得到了谭鑫培的真传，并将此技艺带入上海、杭州、汉口和常州等地，以票友的身份进行义务演出。与王君直齐名，他们共同被誉为“南朱北王”。著名京剧学者陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提到过谭派的杰出人物，其中就包括了朱耐根。
苏少卿曾在《剧评》中赞扬朱耐根的声音，“如浮云遮月”，“媲美小余，其传音区区苍劲，更是炉火纯青。”后来，朱耐根以票友身份定居上海，在当地被尊称为“耐二爷”，并被视为票界中的宗师。他精通谭派唱腔，并且曾经前往扬州和常州教授这一艺术形式。宝应的票友们，如佑申和郭季良，与朱氏有着深厚的情谊，他们经常一起学习技巧，从而受益匪浅。甚至于宝应地区对京剧的研究也多受到了他的影响。值得一提的是，朱耐根夫人魏雅兰也是一个资深的票友。
他的唱腔作品曾由高亭和百代两家公司灌制成三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是没有谭鑫培灌制过的，因此对于研究谭派声腔艺术来说，这些资料无疑是极其珍贵的声音资料（现在这些唱片已经收藏在上海图书馆）。
