政治腐败与专权统治
在明朝后期，政治腐败和专权统治导致了政府的不作为和官僚体系的严重脱节。皇帝权力集中，地方官员往往贪污腐败，不仅对民众造成了巨大的经济损失，还加剧了社会矛盾。例如，万历年间（1573-1619）中兴之举虽有所成效，但也伴随着严格控制商业活动、限制私人土地所有制等政策，这些措施实际上限制了市场发展，为后续的经济衰退埋下伏笔。
经济问题与农业危机
明朝晚期面临着一系列经济问题，其中农业危机是最为突出的。这主要是由于土壤退化、耕地减少以及人口过剩等因素造成。在当时，由于战争频繁和财政压力，大量荒地被侵占或废弃，而农民们则转而到城市寻求就业，这进一步加剧了城市贫困问题。此外，对外贸易受到限制，加之海盗活动频发，使得国家收入大幅减少。
文化上的封闭与排斥
文化上的封闭与排斥也是明朝历史被丑化的一个重要原因。尽管在文艺上有了一定的发展，如书画、戏曲等艺术形式都达到了新的高度，但整体来看，文化环境仍然非常封建保守。新思想、新知识难以进入国门，而传统观念和教条主义阻碍了社会进步。此外，对异端迫害极其严厉，以至于那些敢于挑战现状的人物如徐光启、李宗梁等，都遭受不同程度的打压。
社会矛盾激化
社会矛盾激化是另一个影响深远的问题。在平日里已经存在的一些矛盾因为种种原因逐渐积累，最终爆发出来。当时的大规模农民起义，如李自成领导下的山东起义，是这种社会矛盾激化的一次高潮事件。而这些起义虽然未能改变历史走向，却无疑增加了公众对于清算前朝残余遗憾情绪的理解和认同。
历史记载中的偏见
最后，历史记载本身也可能包含一定程度的偏见。这部分由当时记录者自身价值观念决定，以及他们所处时代背景所限。在写史过程中，他们常常带入自己的立场，从而刻意夸大某些特定事件或者人物，同时忽略其他方面的情况。例如，对抗倭寇英雄如郑成功，在清末及以后流行起来的一些反清复明运动中，他成了民族英雄；但是在早期文献中并未得到充分肯定，这种变化反映出时间推移下人们对于过去事实认识可能发生变化的情景。
