在12世纪末，日本迎来了由武士阶层掌握实权的“幕府时代”。这个时期持续了近七百年，直至19世纪中叶。德川幕府统治动摇，这是因为社会矛盾激化和英、美、俄等国家迫使日本签订不平等条约。1868年，随着萨摩藩和长州藩倒幕，“明治维新”推翻了封建割据的幕藩体制，建立起中央集权国家。
镰仓幕府是源赖朝创立于1192年的政权，其后经历室町幕府（足利尊氏）到江户幕府（德川家康），共有三大阶段。在这些时间里，武士贵族专权自我，并逐渐削弱皇权。
镰仓幕府以源赖朝为首，在1185年取得征夷大称号，并于1192年正式设立。它设有政所、待所和问注所，以御家人为骨干进行地方管理。但是，由于内忧外患，如后鸟羽上皇发动的讨伐战争，最终导致其灭亡。
室町幕府则是在1336年由足利尊氏建立，它达到了全盛时期下辖管领并分成四个称司。这一时期虽然保持了一定的稳定，但由于地方割据性质日益显著以及守护大名间不断发生叛乱事件，使得室町晚期进入战国时代。
最后的是江户幕府，由德川家康在1603年建立，此时已经完成了对全国的大部分地区控制。此后的几个代宗主继续巩固其统治直至1867年的倒台。在整个历史过程中，不断出现农民起义和地侍反抗，对武士阶层造成压力，同时也促进了他们内部改革与发展。
