作为明朝之后的统一政权，清朝对明朝究竟是怎样的看法呢？这里面恐怕涉及到很多细致的问题，但是有一点是比较清楚的，那就是有清一朝，对明十三陵都是保护态度的，这究竟是怎么回事呢？

需要注意的是，虽然今天我们看到的是明清易代，但是因为在这一过程中，由于加入了李自成起义军队，直接导致了鼎革之际问题的复杂化。虽然清军入关后和明打过仗，但是实际上入关后明朝已经灭亡。也就是说，从某种意义上清军入关是直接和李自成开展了一次角色异位，而不是清朝从明朝手里获取了政权。

这一点很关键，因为一直以来清政府存续期间都存在着反清力量，这些力量存在使得清朝统治秩序很麻烦，要想完全对付这些，必须要采取一定的办法。所以清朝开始建构起一个话语体系，也就是清朝是为明朝报仇才入关，试图以这样的说辞来取得百姓认可。这当然并不成功，但是说完全失败也不在理。至少在这样的情况下，不少原来的官僚和知识分子加入到清政府统治阶层中来。

所以，就是在这样的情况下，清政府实际上对明十三陵保护的很好，其实也是为了更好统治，仅此而已。所有的出发点都是为了统治，而不是对十三陵有什么畏惧，更不是清朝统治者人心很好。

在守护陵寝的人员方面，清廷设司香内使,即守陵太监。这一职位始设于顺治元年(1644年)七月,长陵而下每陵设有四人。同年十一月始,命除定陵不设外,每陵改设为二人。顺治八年（1651年）五月,根据清世祖谕旨,设定陵太监,员额同其他十二陵。顺治十七年(1660年)因停定陵祭祀,故太监亦裁撤。康熙年间,定陵以外十二陵计设太监22名。乾隆二十二年(1757年)全部裁汰。

除了司香内使外，清廷还设陵户来负责看守陵园建筑及近陵树木。这一职位始设于顺治元年八月，每陵设24名，给田22顷。

清朝建立以后，明朝时所制定的有关陵寝的各项禁令以及陵寝兆域内不准随便出入的制度等一概被废除。此后，陵区内的果园、陵监因此而衍成为自然村落,陵区外的农户也不断迁居陵区之内，形成新的村落。

虽然针对十三陵的禁入令放宽了很多，但陵区内的建筑、坟墓以及周边树木等仍在严密保护之列。除了增设上述职位来具体负责护陵之外。顺治、康熙、雍正、乾隆等朝，皇帝还亲自亲降谕旨责令地方官员勤加稽查，命令守陵人员敬谨防护。顺治十六年(1659年)颁布的保护明十三陵的谕旨又由朝廷镑刻在长陵宫内的龙跃碑上。

对待破坏明十三陵的案件，清廷也严加惩处。例如顺治三年(1646年)三月,本县农民王科等七人盗发郑贵妃墓，事发后，被官府斩首弃市。