在少年时期，朱耐根跟随祖父居住在北京，那里他深深爱上了皮黄戏路，并得到了谭鑫培的真传。之后，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的表演。与另一位票友王君直齐名，他被誉为“南朱北王”。著名的京剧评论家陈小田在他的书《京剧音韵概论》中提到过谭派中的杰出人物，朱耐根就是其中之一。苏少卿在《剧评》中高度赞扬了朱氏的声音和腔调，“如浮云遮月”，“媲美小余，其传音区区苍劲，更是炉火纯青”。
当朱耐根年纪较大后，他以票友的身份搬到了上海，在那里他被称为“耐二爷”，并且被尊敬为票界的宗师。他精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授艺术。在宝应，有些票友，如居佑申和郭季良，与朱氏结成了兄弟般的情谊，他们经常一起练习技艺，并从中学到了不少东西。后来，宝应地区学习京剧的人很多，这也可以说是受到了朱氏影响。值得一提的是，朱耐根的夫人魏雅兰也是一个票友。
他的唱腔曾经通过高亭和百代两家公司发行了三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片没有由谭鑫培灌录，因此它们成为了研究谭派声乐艺术不可多得的一份珍贵资料（现在这几张唱片保存在上海图书馆）。
