《天工开物》之所以在明朝时期被列为禁书，其原因多层次且复杂。首先，明朝是一个封建社会，对于异端邪说极其敏感。宋应星的这部杰作中，不仅涉及了与当时官方观点相悖的自然现象解释，还包括了一些对农业生产有改进性的新理论和实践，这些内容被视为“异端邪说”，因此遭到了禁令。此外，明代实行科举制度，官员们必须通过考试才能晋升。然而，《天工开物》的某些观点和理论对于那些追求官位的人来说是有威胁性质的，因为它们可能会影响他们的立场或利益，从而不利于他们顺利考取功名。
此外，明朝以儒家思想为主导，而这些思想强调“天命论”、“君权神授”，认为人类知识和技术都是上天赐予的，而非由人创造。在宋应星作品中提出的许多科学发现与这些传统观念相悖，因此被视为挑战了当时社会秩序的一种行为，最终导致其被列入禁书名单。此外，由于保守思想在那一时代仍然占据主导地位，对待来自欧洲机械学、天文学等领域的事物持怀疑态度，《天工开物》中的这种探索性质也成为了它受到打压的一个因素。
综上所述，《天工开物》之所以遭遇这样的命运，是因为它触动了多方面的问题：官方教条、科举制度、儒家文化以及对外来文化的抵触情绪。这本书虽然后来已经不再受禁，但它依旧代表着中国科技发展史上的重要里程碑，为后世留下了宝贵的历史财富。
