他的代表作包括《惊愕交响曲》、《告别交响曲》、《时钟交谊》，以及清唱剧《创世纪》、《四季》，还有弦乐四重奏《云雀四重奏》和《皇帝四重奏》等。
然而，尽管这些作品并非他首创，但正是因为他的努力，这些音乐体裁才从初级阶段成熟起来。莫扎特曾经说过：“我从海顿那里学到了写作真正方法。”在他的交响曲中，他确立了短小动机的发展原则，并废除了数字低音的传统，奠定了近代管弦乐编制和配器的基础。
瓦格纳评价海顿：“他一生追求平静安逸的生活，同时力图保持受人敬爱的地位，因此被看做唯命是从、卑躬屈节的人。他虽然没有像莫扎特那样与封建势力斗争，也无法达到贝多芬那种英勇地向现实发起挑战，而是选择安于现状自得其乐。他的音乐风格正如他的个性：乐观、亲切、真诚、爽朗、幽默。”
海顿因其对新型和声演奏形式贡献巨大，被尊称为“交响乐之父”，有着“海顿老爹”的绰号。他将钢琴中的奏鸣曲式移植到弦乐上，是器樂主調創始人，将傳統對位法完全融入主题發展中，使主题能够自由展开。这一切都反映出一个人的智慧和卓越——弗朗茨·约瑟夫·海顿，无疑是一个世界音乐史上的巨大的影响者，以及古典音乐风格的一个杰出的代表。
