在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座教堂被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利领土。在此背景下，拿破仑三世以“保护者”之名出兵保护罗马，但普法战争结束后，他撤军，使得意大利王国军队顺利占领罗马城，并完成了国家统一。随后，历代教宗与新成立的意大利王国关系紧张，不允许信徒参与其公职。
1929年2月11日，《拉特兰条约》签订，将梵蒂冈城定位为独立国家，其主权属于教宗。这份协议解决了梵蒂冈与意大利政府之间长期存在的问题。第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，而当时任职的教宗是庇护十二世。
2009年1月1日，由于认为现有的法律过于繁杂且与天主教义相违背，梵蒂冈宣布不再自动采纳意大利议会通过的法律。此外，该城市有着独特的旗帜和徽章，其中黄白两色的旗帜代表金银两种金属，同时也是瑞士卫队帽徽颜色；而红色则象征曾经在天主教堂中最夺目的颜色。
此外，还有关于 教宗保禄六世和他的徽章图案，有关他成为首位穿着白袍、脚上穿橡皮鞋并坐在椅子上的现代化形象的人物，以及他对改革进行贡献的事迹。而他的三重冠则象征着立法、司法和行政权力，而那两把交叉钥匙，则代表着神圣不可侵犯的地位，与《马太福音》中的话语有关，即：“我要把天国的钥匙给你”。
