在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，该建筑被改造成今日的圣伯多禄大殿，成为了天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围区域赠予教宗，这标志着“丕平献土”，后来形成了半世俗政体型态的“教宗国”，其领土涵盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利民族统一运动削弱了圣座在意大利的地位。随着萨丁尼亚王国领导下的意大利统一运动取得成功，并成立了意大利王国，梵蒂冈宫中的教宗面临压力。1870年普法战争结束后，当时法国皇帝拿破仑三世调回驻守罗马的军队，使得意大利军队顺利进入罗马城，最终完成了国家统一。在此之后，一些教宗拒绝信徒参与新生的意大利王国政府工作。
1929年2月11日，《拉特兰条约》签订，将梵蒂冈定位为独立国家，其领土位于梵蒂冈城内。这份和解解决了长期以来与 意大利政府之间的纠纷。在第二次世界大战期间，尽管梵蒂冈保持中立，但依然受到冲突影响。此外，由于《拉特兰协议》的存在，它并不自动采纳 意大利议会通过的一些法律。
除了官方旗帜之外，还有一个历史性的标志，那就是背衬红色背景上的保禄六世徽章。这代表了一段历史，以及对未来的展望。他是1963年的新任教宗之一，他所选择的徽章象征着权力的交接，从而成为天上地下的象征。而那两把钥匙，则是交给圣彼得，以象征他拥有所有权力，而不仅仅是开启天堂之门。
