中年征士
黄琼字世英，籍贯江夏郡安陆县（今湖北安陆北）。父亲是魏郡太守黄香，黄琼最初因父亲的关系被任命为太子舍人，但他托病不就职。
公元122年（延光元年），黄香逝世。黄琼的服丧期满后，五府一起辟召他，几年之间都不应。
公元127年（永建二年），公卿共同荐举黄琼，于是下诏派公车前往征召黄琼与会稽人贺纯、广汉人杨厚。黄琼到纶氏后，托病不行。有关部门检举他对皇帝不敬，汉顺帝下诏到县里，下令以礼安慰、派送，黄琼不得已，只得应召。
从前征聘的处士，多不称声望，李固平常就仰慕黄琼，于是预先写信给他：听说您已经渡了伊水和洛水，近在万岁亭，难道迟迟其行，是顺从陛下的命令吗？君子所谓伯夷狭隘，柳下惠不恭谨。《传》说：‘不要像伯夷那样狭隘，也不要像柳下惠那样降志辱身，可否之间，折衷而已。’这是圣贤立身之宝啊！真正想隐居山林，学习巢父、许由，这样也可以；如果想从政为百姓做番事业，如今正是时候。自从有生民以来，太平盛世少，纷乱的时期多。如果一定要等到有尧舜之君才出世做事，作一个有志之士，那始终没有时机了。曾经听说：‘高峻的东西，容易折缺；洁白的东西，容易弄污。’《阳春》之曲，和唱的少，盛名之下，其实难副。最近，鲁阳樊君（樊英）被征召刚到，朝廷设坛席欢迎，如同对待神明一样。虽然没有什么特出的才能，但一言一行，没有什么缺点。而毁谤传播流行，应时折减，难道不是由于吏民观听期望太深，声名太盛吗？最近征聘的如胡元安、薛孟尝、朱仲昭、顾季鸿等，他们的功业都没有什么可取之处，所以时下的都说处士全都是窃取虚假的名声。希望先生弘扬远大的谋划，使大家敬服，洗掉这窃取虚假名声的话啊！
匡弼时政
黄琼到朝廷后，即被任命为议郎，不久后就升任尚书仆射。先前，黄琼跟父亲在尚书省，熟悉历史旧闻。等到在朝廷任职，处理政务，非常能干，在朝廷里争论什么，没有人胜过他。
当时连续出现灾异，黄琼于是上疏给汉顺帝说：近来，卦位错乱，冷热相侵，阴气屡作，太阳无光，月亮不明。考求天意，应该不是偶然的。陛下应该把石室打开，查阅《河洛》图书，命令史官，条上永建以前到汉初的全部灾异，比较永建以后到今天，何多何少。又使近臣儒者参考政事，多召见公卿，访察询问得失。那些无功无德的，应该罢免的罢免，降级的降级。我以前对于灾祸有所陈述，并且推举了光禄大夫樊英、太中大夫薛包及会稽人贺纯、广汉人杨厚，都没有被采纳，处士巴郡人黄错、汉阳人任棠，都已经六七十岁了，有伯夷、叔齐、虞仲、夷逸、朱张、柳下惠、少连等人的志向，现在应该接见并任用他们，以助于弘扬政化。于是诏令公车征召黄错等人。
公元128年（永建三年），发生大旱，黄琼又上疏说：从前，在鲁僖公时遭旱灾，僖公以六种罪过自责，躬行节约，不近女色，放逐阿谀进谗言的奸臣十三人，杀受贿的九人，并且退居南郊，老天立刻下了大雨。现在应该考查政事，有无不当的措施，务必实实在在，厉行节俭，改变百姓对朝廷的看法。尚方御府，要除去不必要的开支。明告近臣，遵守法纪，如果不听，则要给他们好看。要多接见公卿大臣，引用儒士，询求教化的道理，要他们陈述朝政的得失。又囚徒系狱太多，没有处理，多致死亡，也可以感伤天地的和气，招来灾旱。如果改过从善，选用好的政策，自然灾异消除太平盛世来临了。
书上奏后，顺帝在德阳殿召见了黄琼，命中常侍拿黄琼的奏书给主管部门执行。
自顺帝即位后，不再举行皇帝亲耕农田的礼仪，黄琼认为国家的大典，不宜久废，于是上疏劝谏道：自古贤明的君主，没有不尽心祭祀，增致福祥。所以一定亲自举行郊庙的祭礼，亲自耕种农田，作为百姓的榜样，奖励农耕。从前周宣王不亲自耕种农田，虢文公因此大肆批评，终于发生了姜戎的寇乱，损害了中兴的好名声。陛下继承先人的大业，恭敬严肃以应天兆，顺时奉元，祭祀百神，早晚冒尘埃于道路，昼夜处理政事，爱恤人民。虽然《诗经》歌颂成汤‘不僭不滥,不敢怠遑’，《书经》赞美文王‘至于日中昃，不皇暇食’，也不能超过。现在宗庙的祭祀正缺，祈丰年斋戒，就在明天。我怕皇上左右的人，不想多惊动您，认为亲耕的礼可以废掉。我听说先王制定典章，皇帝亲耕农田的日子将到，司徒斋戒，司空扫除坛地。五天以前，有和风的应兆，到斋宫祭祀之后，启用农具，真是慎重极了。自癸巳以来，一直西北风，好雨不下，寒气不散。迎春东郊，既然没有亲去，为百姓作表彰，这是应当的，这样才可迎来和气，招引时风。《易》说：‘君子自强不息’，就是这个道理。奏书送上，顺帝采纳了他的意见。
不久，升任尚书令。黄琼认为以前左雄上奏关于选举孝廉，专用儒学文吏的办法，对于选拔士人，尚有不足的地方。于是奏请增加孝悌及能从政者为四科，全部得到施行。又左雄前议选举官吏先在公府考试，端门复试，后来尚书张盛奏请废除。黄琼又上言：复试这种办法，是为了澄洗清浊，核查虚伪和失实，不应当改革。顺帝于是没有废除此科。后来调任魏郡太守，不久迁为太常。
不畏梁冀
公元150年（和平元年），被选入宫中，为汉桓帝讲学。
公元151年（元嘉元年），升任司空。桓帝想尊宠大将军梁冀，让朝中二千石以上大臣讨论尊宠的礼仪。特进胡广、太常羊溥、司隶校尉祝恬、太中大夫边韶等人，都称颂梁冀的功勋德行，认为尊宠的礼仪赏赐，应该与周公相同，赐给山川、土田、附庸。
黄琼独自建议道：梁冀之前因亲迎陛下的功劳，已经增邑三千，对他的儿子梁胤也增加了封赏。从前周公辅佐成王，制礼作乐，使天下太平，所以大辟土宇，开地七百。现如今诸侯按户邑为制，不按里数计算。萧何在泗水结识了高祖，霍光挽救危亡了的局势，复兴国家，都是益户增封，以显扬他们的功业。尊宠梁冀的礼仪可比邓禹，应该食邑四县，赏赐可同霍光，使天下明白赏一定要与功相当，爵位不要越超他的德行。朝廷采纳了他的意见。梁冀因而怀恨在心。正值发生地震，于是以此罢免他的职务，又任太仆。
公元153年（永兴元年），升任司徒，再迁太尉。梁冀前后托黄琼推举征召的，他一个也没有任用。就算贤人，但是是梁冀所推举的，黄琼也不任命。
公元158年（延熹元年），因日蚀被免职。不久，又被任命为大司农。
老而弥辣
公元159年（延熹二年），梁冀被诛杀。太尉胡广、司徒韩演、司空孙朗都因阿谀依附梁冀罢免，以黄琼为太尉。黄琼因为是帝师，又不阿谀依附梁冀，于是封其为邟乡侯，食邑千户。黄琼以病辞让六、七次，言词恳切真挚，终于得到桓帝的批准。
梁冀既诛，黄琼在朝廷位居第一。检举州郡贪污至死的十多人，海内因此都希望黄琼很快整顿朝纲。然而，不久就有五侯擅权，朝廷内外，黄琼自己考虑无力匡正，于是托病在家。
公元161年（延熹四年），因寇贼骚扰，而被免职。这年再任为司空。秋天，因发生地震而免职。
临终仍谏
公元164年（延熹七年），黄琼病重，临终前上疏极言劝谏，陈述李固、杜乔、李云、杜众等人的冤屈。又尚书周永在梁冀得势时为其党羽，失势时又脱离他而投靠朝廷。
同年，黄琼逝世，享年七十九岁。追赠车骑将军，谥号忠。
黄琼的葬礼将要举行时，四面八方的名士有六七千人前来哀悼。徐稺在黄琼还未出仕时，受学于他；等到黄琼步入仕途后，徐稺就与黄琼绝交。到了此时，徐稺前往吊唁，祭奠之后，哀哭着离开，没有人认识他。后来才知道是徐稺来过，于是派能言善辩的名士茅容前往追赶，最终也只是回答了一些农稼之间的问题而已。
公元177年（熹平六年），汉灵帝追念旧德，命江览画胡广和黄琼的画像于宫内，又命议郎蔡邕为其作颂。
